(株)ナイスコーポレーション 教えて！不動産屋さん回答詳細ページ｜賃貸博士

契約書を見ていませんので、内容はこのご相談の文章だけしか分かりませんが、
同一つの契約に対して更新料と仲介手数料は同時には成り立たないと考えます。

更新料は既にある契約を字のごとく更新して継続することに支払うわけで、
仲介手数料は契約を新たに結ぶことに対して仲介業者が仲介する対価のことと考えます。

あと考えられることとしてご相談者のおっしゃる仲介手数料は更新に関する更新手数料ではないでしょうか、そうであれば金額の問題は別としてありえないことではない（契約書の上でそのことを契約の更新要件としてあるなど）と思います。

契約書を再度ご確認されたらいかがでしょうか。
契約書や今までの説明にまったく無いものであれば、その点をご指摘され、また消費者契約法の観点などからもお話し合いをされるのも一考かと思います。

尚、法的な解釈を多分にに含んでいますので、本回答については、あくまでもご参考としていただき対応される際は法律の専門家（弁護士など）へ確認また詳しくご相談ください。